A Jedlik Ányos Szakkollégium demokratikus szerveződésű közösség, amelynek éves munkáját választott vezetők koordinálják. A Szak­kollégium legfőbb döntéshozó szerve a Közgyűlés, amely minden félévben egyszer kötelezően ülésezik. A Közgyűlésnek tagja minden szakkollégista, valamint a Pannon Egyetem Kollégiumainak mindenkori vezetője. A közösségi életet kollégiumi szenior, a szakmai életet pedig szakkollégiumi szenior koordinálja, ők tagjai a SzIB-nek és a FeBi-nek is.

A kisebb hord­erejű, napi működést érintő prob­lémákat a Szak­kollégiumi Intéző Bizottság (SzIB) kezeli, ők a szak­kollé­gisták köréből válasz­tott hallgatók. Négy hallgató kerül a bizott­ságba minden évben, feladatuk a kisebb gondok el­há­rí­tá­sán kívül a rendez­vények szer­ve­zése és a szeniorok munká­já­nak segítése.

A Felvételi Bizottság (FeBi) szervezi meg a felvételi elbeszélgetéseket, valamint ők határoznak a már bentlakó szakkollégisták újrafelvételéről. Működésüknek saját szabályzatuk ad keretet, a belső felvételi eljárást pedig egy jól meghatározott pontrendszer szerint végzik.

A Szakkollégium működésének elengedhetetlen része, hogy legyen saját kasszája, ennek kezelését a Közgyűlés által választott pénztáros végzi. Egyszerű, ám felelősségteljes feladatköre van.

A fent felsoroltak mellett a Jedlik életét több öntevékeny csoport működése is gazdagítja, a Könyvtáros Kör felelős a könyvtár kezeléséért, a Kertkör pedig a szakkollégisták közvetlen környezetének megszépítésével, a növények gondozásával foglalkozik. A Szakkollégium külső és belső kommunikációjával a PR Kör tagjai foglalkoznak. A szórakozás és kikapcsolódás kulturált, szervezett módján pedig a Szerepjáték Kör és a Társasjáték Kör tagjai teszik színesebbé a mindennapi életet. Választott rendszergazdák tartják karban a számítógéptermet, és a kollégiumi informatikai hálózatot.

Az Öntevékeny Kör vezetői, a pénztáros és az egyes bizottságok (SzIB, FeBi) a Közgyűlésnek tartoznak beszámolni tevékenységükről, ami egyben a Szakkollégium fő döntéshozó szerve is. A Közgyűlésnek tagja minden Jedlikes szakkollégista, így biztosítva van a demokratikus működés.